{"bekendtgoerelseNoegle":{"noticeId":{"value":"55690694-b151-4f18-9774-bb8bc3929c90"},"noticeVersion":{"value":"01"},"noticePublicationNumber":{"value":"00769777-2024"}},"htmlDA":"\n\n \n
1 Køber
1.1 Køber
Officielt navn: Region Syddanmark
\n
Køberens retlige status: Regional myndighed
\n
Den ordregivende myndigheds aktiviteter: Sundhed
\n
\n
\n
2 Procedure
2.1 Procedure
Titel: Long Read Sekventeringsudstyr
\n
Beskrivelse: Long read sekventering komplementerer short read sekventering (NGS) på flere punkter.\n Der er således adskillige typer genetiske og epigenetiske ændringer, der kan detekteres\n med long read sekventering, som vi enten slet ikke eller kun i ringere grad kan detektere\n med short read sekventering.Epigenetiske ændringer (methylering): Long read sekventering\n genererer automatisk methyleringsprofiler for hele genomet, som en del af analysen.\n Dette kan særligt være interessant for f.eks. imprinting sygdomme. Dette er slet ikke\n på samme måde muligt med short read sekventering. Strukturelle varianter: Long read\n sekventering er - qua de meget længere sekventeringsreads - langt bedre egnet til\n at detektere forskellige typer strukturelle varianter, herunder inversioner, tandem\n duplikationer, translokationer og større deletioner, end short read sekventering.\n Detektion af varianter (også SNPs og INDELs) i en større del af genomet:På grund af\n lav kompleksitet er en del af genomet (~10-15%) tæt på umuligt at analysere tilfredsstillende\n med short read sekventering. Disse områder kan langt bedre analyseres med long read\n sekventering. Det gælder f.eks. MUC1 varianter.Phasing af varianter (særligt SNPs\n og INDELs):Med long read sekventering er det muligt at udlede om flere varianter findes\n på samme (cis) eller modsatte (trans) kopi af DNA (også kaldet ”phasing” af varianter).\n Dette er ofte relevant for at afklare om 2 varianter i samme gen sidder i cis (så\n patienten stadig har 1 rask kopi), eller om de sidder i trans (så patienten derfor\n ikke har en ”rask” kopi af genet).Short tandem repeats (STR) og variable number tandem\n repeats (VNTR): Repeat ekspansioner detekteres langt bedre med long read sekventering,\n da disse reads er lange nok til helt at dække de fleste repeat ekspansioner. Vi kan\n med dette udstyr erstatte vores kromosomanalyser, som det kan være svært at opnå kompetencer\n til.
\n
Identifikator for proceduren: 44faf6d2-77d4-40bd-9a37-b32a4017cfbe
\n
Tidligere bekendtgørelse: 0417f21f-2089-4718-b81f-1fa303d84697-01
\n
Intern identifikator: I-16667
\n
Udbudsprocedure: Udbud med forhandling uden forudgående offentliggørelse
\n
2.1.1 Formål
Kontraktens art: Varer
\n
Primær klassificering (cpv): 38000000 Laboratorieudstyr, optisk udstyr og præcisionsudstyr (ikke briller)
\n
\n
2.1.2 Udførelsessted
Postadresse: 4 Beriderbakken  
\n
By: Vejle
\n
Postnummer: 7100
\n
Landespecifik underafdeling (NUTS): Sydjylland (DK032)
\n
Land: Danmark
\n
\n
2.1.4 Generelle oplysninger
Retsgrundlag:
\n
Direktiv 2014/24/EU
\n
\n
\n
\n
5 Delkontrakt
5.1 Teknisk ID for partiet: LOT-0000
Titel: Long Read Sekventeringsudstyr
\n
Beskrivelse: Long read sekventering komplementerer short read sekventering (NGS) på flere punkter.\n Der er således adskillige typer genetiske og epigenetiske ændringer, der kan detekteres\n med long read sekventering, som vi enten slet ikke eller kun i ringere grad kan detektere\n med short read sekventering.Epigenetiske ændringer (methylering): Long read sekventering\n genererer automatisk methyleringsprofiler for hele genomet, som en del af analysen.\n Dette kan særligt være interessant for f.eks. imprinting sygdomme. Dette er slet ikke\n på samme måde muligt med short read sekventering. Strukturelle varianter: Long read\n sekventering er - qua de meget længere sekventeringsreads - langt bedre egnet til\n at detektere forskellige typer strukturelle varianter, herunder inversioner, tandem\n duplikationer, translokationer og større deletioner, end short read sekventering.\n Detektion af varianter (også SNPs og INDELs) i en større del af genomet:På grund af\n lav kompleksitet er en del af genomet (~10-15%) tæt på umuligt at analysere tilfredsstillende\n med short read sekventering. Disse områder kan langt bedre analyseres med long read\n sekventering. Det gælder f.eks. MUC1 varianter.Phasing af varianter (særligt SNPs\n og INDELs):Med long read sekventering er det muligt at udlede om flere varianter findes\n på samme (cis) eller modsatte (trans) kopi af DNA (også kaldet ”phasing” af varianter).\n Dette er ofte relevant for at afklare om 2 varianter i samme gen sidder i cis (så\n patienten stadig har 1 rask kopi), eller om de sidder i trans (så patienten derfor\n ikke har en ”rask” kopi af genet).Short tandem repeats (STR) og variable number tandem\n repeats (VNTR): Repeat ekspansioner detekteres langt bedre med long read sekventering,\n da disse reads er lange nok til helt at dække de fleste repeat ekspansioner. Vi kan\n med dette udstyr erstatte vores kromosomanalyser, som det kan være svært at opnå kompetencer\n til.
\n
Intern identifikator: I-16667
\n
5.1.1 Formål
Kontraktens art: Varer
\n
Primær klassificering (cpv): 38000000 Laboratorieudstyr, optisk udstyr og præcisionsudstyr (ikke briller)
\n
Valgmuligheder:
Beskrivelse af optioner: Årlig service: Reservedele, arbejdskraft og forbrugsmaterialer til Revio-systemet,\n der er nødvendige for reparation og planlagt vedligeholdelse, understøttet af PacBio’s\n fjernsupport og realtids-overvågning af ydeevne.
\n
\n
\n
5.1.2 Udførelsessted
Postadresse: 4 Beriderbakken  
\n
By: Vejle
\n
Postnummer: 7100
\n
Landespecifik underafdeling (NUTS): Sydjylland (DK032)
\n
Land: Danmark
\n
Yderligere oplysninger: 
\n
\n
5.1.3 Anslået varighed
Varighed: 6 År
\n
\n
5.1.4 Fornyelse
Højeste antal fornyelser: 2
\n
Køberen forbeholder sig retten til at foretage yderligere indkøb fra entreprenøren som beskrevet her: Hver gang med op til 12 måneder
\n
\n
5.1.6 Generelle oplysninger
Indkøbsprojekt, der ikke finansieres med EU-midler
\n
Udbuddet er omfattet af aftalen om offentlige udbud (GPA): ja
\n
\n
5.1.10 Tildelingskriterier
Kriterium:
Type: Kvalitet
\n
Beskrivelse: Tildelt på baggrund af kvalitet
\n
Prioriteret rækkefølge: 1
\n
\n
Begrundelse for ikke at angive vægtningen af tildelingskriterierne: Indkøb af LRS platform Klinisk Genetik, Vejle sygehus ønsker at implementere long\n read sekventering (herefter LRS). Det er et krav, at den indkøbte LRS platform kan\n erstatte udvalgte eksisterende kliniske analyser baseret på short read sequencing\n (herefter SRS). For at kunne erstatte SRS-baserede analyser kræves det, at kvaliteten\n af variantkald på LRS platformen er sammenlignelig med (eller bedre) end det, vi allerede\n opnår med SRS. Dette gør sig gældende genome-wide, dvs. ikke kun i den kodende del\n af genomet. Det er desuden et krav, at variantkvaliteten (Recall og/eller F1-scores\n for SNVs og INDELs) for ”challenging medically relevant genes” (CMRG), er på niveau\n med eller bedre, end hvad vi opnår med SRS, for kendte variant benchmarking datasæt\n for CMRG (se evt. Wagner et al, Nature Biotechnology, 2022). Objektive krav til LRS\n platformen Datakvalitet (for et gennemsnitligt 30x helgenom datasæt): - Mindst 90%\n sekventerede baser >Q30 - Median readlængde på mindst 10-15kb Variantkvalitet (baseret\n på kendte valideringsprøver, f.eks. GIAB HG002 eller tilsvarende): - F1-score > 99%\n for SNVs. - F1-score > 95% for INDELs genome-wide (ikke kun i kodende regioner). -\n F1-score > 90% for Strukturelle varianter (SVs). - Recall eller F1-scores for SNVs\n og INDELs for Challenging Medically relevant genes (CMRG) mindst på niveau med Illumina\n SRS. Primær dataanalyse, turn-around time og throughput: - LRS platformen skal kunne\n generere sekventeringsdata svarende til minimum 1500 helgenom-ækvivalenter (30x) årligt.\n - Basecalling med en resulterende readkvalitet, som muliggør ovenstående objektive\n krav til variantkvalitet, skal kunne afvikles på LRS platformens onboard beregningscomputer\n for minimum 1500 helgenom-ækvivalenter (30x) årligt. Det må i den forbindelse ikke\n være et krav eller på nogen måde være nødvendigt, at Klinisk Genetik, Vejle Sygehus,\n indkøber eller har adgang til GPU-baseret beregningskapacitet ud over det, der inkluderes\n i LRS platformens onboard beregningscomputer. - Mulighed for turn-around time på maksimalt\n 48 timer fra sekventeringsrun startes, til basecalling er afsluttet, for et gennemsnitligt\n 30x helgenom datasæt. Begrundelse for PacBio Revio som eneste mulige LRS platform\n PacBio Revio er den eneste LRS platform på markedet, der opfylder alle vores krav.\n PacBio Revio genererer long-read data med høj kvalitet (median read-længde ca. 15kb\n og mindst 90% sekventerede baser >Q30). PacBio Revio er den eneste LRS platform på\n markedet, der kan detektere både SNVs, INDELs og SVs genome-wide (dvs. både i kodende\n og ikke-kodende regioner af genomet) med så høj kvalitet, at platformen kan implementeres\n som erstatning for udvalgte SRS-baserede analyser, herunder klinisk helgenomsekventering\n (WGS).
\n
\n
5.1.12 Udbudsvilkår
Oplysninger om undersøgelsesfrister: Følgende gælder, hvis udbuddet er et offentligt udbud: Klage skal være indgivet til\n Klagenævnet for Udbud inden 45 kalenderdage efter at ordregiveren har offentliggjort\n en bekendtgørelse i Den Europæiske Unions Tidende om, at ordregiveren har indgået\n en kontrakt (fristen regnes fra dagen efter den dag, hvor bekendtgørelsen er blevet\n offentliggjort), og 6 måneder efter at ordregiveren har indgået en rammeaftale regnet\n fra dagen efter den dag, hvor ordregiveren har underrettet de berørte ansøgere og\n tilbudsgivere. Klage over indgåelse af en kontrakt baseret på en rammeaftale med genåbning\n af konkurrencen (miniudbud) skal være indgivet til Klagenævnet for Udbud inden 30\n kalenderdage regnet fra dagen efter ordregiverens underretning om tildelingsbeslutningen.\n Samtidig med klagens fremsendelse til Klagenævnet for Udbud skal klageren sende en\n kopi af klagen med bilag til ordregiveren, gerne pr. e-mail. Følgende gælder, hvis\n der er tale om et begrænset udbud, et udbud med forhandling, en konkurrencepræget\n dialog eller et innovationspartnerskab: Klage over ikke at være blevet prækvalificeret\n skal være indgivet til Klagenævnet for Udbud inden 20 kalenderdage fra dagen efter\n afsendelse af en underretning til de berørte ansøgere om, hvem der er blevet prækvalificeret.\n Andre klager skal være indgivet til Klagenævnet for Udbud inden 45 kalenderdage efter\n at ordregiveren har offentliggjort en bekendtgørelse i Den Europæiske Unions Tidende\n om, at ordregiveren har indgået en kontrakt (fristen regnes fra dagen efter den dag,\n hvor bekendtgørelsen er blevet offentliggjort), og 6 måneder efter at ordregiveren\n har indgået en rammeaftale regnet fra dagen efter den dag, hvor ordregiveren har underrettet\n de berørte ansøgere og tilbudsgivere. Klage over indgåelse af en kontrakt baseret\n på en rammeaftale med genåbning af konkurrencen (miniudbud) skal være indgivet til\n Klagenævnet for Udbud inden 30 kalenderdage regnet fra dagen efter ordregiverens underretning\n om tildelingsbeslutningen. Samtidig med klagens fremsendelse til Klagenævnet for Udbud\n skal klageren sende en kopi af klagen med bilag til Ordregiveren, gerne pr. e-mail.
\n
\n
5.1.15 Teknikker
Rammeaftale:
Ingen rammeaftale
\n
\n
Oplysninger om det dynamiske indkøbssystem:
Intet dynamisk indkøbssystem
\n
\n
\n
5.1.16 Yderligere oplysninger, mægling og gennemgang
Organisation med ansvar for klager: Klagenævnet for Udbud
\n
Organisation, der leverer supplerende oplysninger om udbudsproceduren: Region Syddanmark
\n
Organisation, der sikrer adgang til udbudsdokumenterne offline: Region Syddanmark
\n
Organisation, der leverer yderligere oplysninger om klageprocedurerne: Konkurrence- og Forbrugerstyrelsen
\n
Organisation, hvis budget anvendes til at betale for kontrakten: Region Syddanmark
\n
Organisation, der udfører betalingen: Region Syddanmark
\n
TED eSender: Mercell Holding ASA
\n
\n
\n
\n
6 Resultater
Værdien af alle kontrakter tildelt i denne meddelelse: 33.664.194 Dansk krone
\n
Direkte tildeling:
Begrundelse for direkte tildeling: Kontrakten kan kun tildeles af en bestemt økonomisk aktør på grund af manglende konkurrence af tekniske årsager
\n
Anden begrundelse: Indkøb af LRS platform Klinisk Genetik, Vejle sygehus ønsker at implementere long\n read sekventering (herefter LRS). Det er et krav, at den indkøbte LRS platform kan\n erstatte udvalgte eksisterende kliniske analyser baseret på short read sequencing\n (herefter SRS). For at kunne erstatte SRS-baserede analyser kræves det, at kvaliteten\n af variantkald på LRS platformen er sammenlignelig med (eller bedre) end det, vi allerede\n opnår med SRS. Dette gør sig gældende genome-wide, dvs. ikke kun i den kodende del\n af genomet. Det er desuden et krav, at variantkvaliteten (Recall og/eller F1-scores\n for SNVs og INDELs) for ”challenging medically relevant genes” (CMRG), er på niveau\n med eller bedre, end hvad vi opnår med SRS, for kendte variant benchmarking datasæt\n for CMRG (se evt. Wagner et al, Nature Biotechnology, 2022). Objektive krav til LRS\n platformen Datakvalitet (for et gennemsnitligt 30x helgenom datasæt): - Mindst 90%\n sekventerede baser >Q30 - Median readlængde på mindst 10-15kb Variantkvalitet (baseret\n på kendte valideringsprøver, f.eks. GIAB HG002 eller tilsvarende): - F1-score > 99%\n for SNVs. - F1-score > 95% for INDELs genome-wide (ikke kun i kodende regioner). -\n F1-score > 90% for Strukturelle varianter (SVs). - Recall eller F1-scores for SNVs\n og INDELs for Challenging Medically relevant genes (CMRG) mindst på niveau med Illumina\n SRS. Primær dataanalyse, turn-around time og throughput: - LRS platformen skal kunne\n generere sekventeringsdata svarende til minimum 1500 helgenom-ækvivalenter (30x) årligt.\n - Basecalling med en resulterende readkvalitet, som muliggør ovenstående objektive\n krav til variantkvalitet, skal kunne afvikles på LRS platformens onboard beregningscomputer\n for minimum 1500 helgenom-ækvivalenter (30x) årligt. Det må i den forbindelse ikke\n være et krav eller på nogen måde være nødvendigt, at Klinisk Genetik, Vejle Sygehus,\n indkøber eller har adgang til GPU-baseret beregningskapacitet ud over det, der inkluderes\n i LRS platformens onboard beregningscomputer. - Mulighed for turn-around time på maksimalt\n 48 timer fra sekventeringsrun startes, til basecalling er afsluttet, for et gennemsnitligt\n 30x helgenom datasæt. Begrundelse for PacBio Revio som eneste mulige LRS platform\n PacBio Revio er den eneste LRS platform på markedet, der opfylder alle vores krav.\n PacBio Revio genererer long-read data med høj kvalitet (median read-længde ca. 15kb\n og mindst 90% sekventerede baser >Q30). PacBio Revio er den eneste LRS platform på\n markedet, der kan detektere både SNVs, INDELs og SVs genome-wide (dvs. både i kodende\n og ikke-kodende regioner af genomet) med så høj kvalitet, at platformen kan implementeres\n som erstatning for udvalgte SRS-baserede analyser, herunder klinisk helgenomsekventering\n (WGS).
\n
\n
6.1 Resultat delkontrakt-ID: LOT-0000
Der er udvalgt mindst én vinder.
\n
6.1.2 Oplysninger om vinderne
Vinder:
Officielt navn: Pacific Biosciences of California Inc.
\n
Tilbud:
\n
Tilbud – Identifikator: e24e240a-c4e2-4169-a34b-a8d933325d5d
\n
Identifikator for delkontrakt eller gruppe af delkontrakter: LOT-0000
\n
Værdien af resultatet: 33.664.191 Dansk krone
\n
Underentrepriseværdien er kendt: nej
\n
Underentrepriseprocentdelen er kendt: nej
\n
Kontraktoplysninger:
Identifikator for kontrakten: Kontrakt_I-16667_Revio System
\n
Kontrakten tildeles som led i en rammeaftale: nej
\n
\n
\n
\n
6.1.4 Statistiske oplysninger
Modtagne tilbud og ansøgninger om deltagelse:
Type modtagne indgivelser: Tilbud
Antal modtagne tilbud og ansøgninger om deltagelse: 1
\n
\n
\n
\n
\n
\n
8 Organisationer
8.1 ORG-0001
Officielt navn: Region Syddanmark
\n
Registreringsnummer: 29190909
\n
Postadresse: Damhaven 12  
\n
By: Vejle
\n
Postnummer: 7100
\n
Landespecifik underafdeling (NUTS): Sydjylland (DK032)
\n
Land: Danmark
\n
Kontaktpunkt: Lone Bjerregaard
\n
E-mail: LONB@rsyd.dk
\n
Telefon: +45 99440376
\n
Internetadresse: https://www.regionsyddanmark.dk
\n
Køberprofil: https://eu.eu-supply.com/ctm/company/companyinformation/index/181055
\n
Denne organisations roller:
Køber
\n
Organisation, der leverer supplerende oplysninger om udbudsproceduren
\n
Organisation, der sikrer adgang til udbudsdokumenterne offline
\n
Organisation, hvis budget anvendes til at betale for kontrakten
\n
Organisation, der udfører betalingen
\n
\n
\n
8.1 ORG-0002
Officielt navn: Klagenævnet for Udbud
\n
Registreringsnummer: 37795526
\n
Postadresse: Nævnenes Hus, Toldboden 2  
\n
By: Viborg
\n
Postnummer: 8800
\n
Landespecifik underafdeling (NUTS): Vestjylland (DK041)
\n
Land: Danmark
\n
E-mail: klfu@naevneneshus.dk
\n
Telefon: +45 72405708
\n
Internetadresse: https://naevneneshus.dk/start-din-klage/klagenaevnet-for-udbud/
\n
Denne organisations roller:
Organisation med ansvar for klager
\n
\n
\n
8.1 ORG-0003
Officielt navn: Konkurrence- og Forbrugerstyrelsen
\n
Registreringsnummer: 10294819
\n
Postadresse: Carl Jacobsens Vej 35  
\n
By: Valby
\n
Postnummer: 2500
\n
Landespecifik underafdeling (NUTS): Byen København (DK011)
\n
Land: Danmark
\n
E-mail: kfst@kfst.dk
\n
Telefon: +45 41715000
\n
Internetadresse: https://www.kfst.dk/
\n
Denne organisations roller:
Organisation, der leverer yderligere oplysninger om klageprocedurerne
\n
\n
\n
8.1 ORG-0004
Officielt navn: Pacific Biosciences of California Inc.
\n
Registreringsnummer: 07285032
\n
By: Menlo Park
\n
Postnummer: 94025
\n
Land: Forenede Stater
\n
E-mail: gmoeller@pacb.com
\n
Telefon: 29111222
\n
Denne organisations roller:
Tilbudsgiver
\n
Vinder af disse delkontrakter: LOT-0000
\n
\n
\n
8.1 ORG-0005
Officielt navn: Mercell Holding ASA
\n
Registreringsnummer: 980921565
\n
Postadresse: Askekroken 11  
\n
By: Oslo
\n
Postnummer: 0277
\n
Landespecifik underafdeling (NUTS): Oslo (NO081)
\n
Land: Norge
\n
Kontaktpunkt: eSender
\n
E-mail: publication@mercell.com
\n
Telefon: +47 21018800
\n
Fax: +47 21018801
\n
Internetadresse: http://mercell.com/
\n
Denne organisations roller:
TED eSender
\n
\n
\n
\n
11 Oplysninger om bekendtgørelsen
11.1 Oplysninger om bekendtgørelsen
Identifikator for bekendtgørelsen: 55690694-b151-4f18-9774-bb8bc3929c90 - 01
\n
Formulartype: Resultater
\n
Bekendtgørelsestype: Bekendtgørelse om indgåede kontrakter eller koncessionstildeling – standardordningen
\n
Afsendelsesdato for bekendtgørelsen: 13-12-2024 13:33 +00:00
\n
Dato for afsendelse af bekendtgørelse (eSender): 13-12-2024 13:39 +00:00
\n
Sprog, som denne bekendtgørelse er officielt tilgængelig på: dansk 
\n
\n
11.2 Oplysninger om offentliggørelsen
Bekendtgørelsesnummer: 00769777-2024
\n
EUT-S-nummer: 244/2024
\n
Offentliggørelsesdato: 16-12-2024
\n
\n
\n \n","htmlEN":"\n\n \n
1 Buyer
1.1 Buyer
Official name: Region Syddanmark
\n
Legal type of the buyer: Regional authority
\n
Activity of the contracting authority: Health
\n
\n
\n
2 Procedure
2.1 Procedure
Title: Long Read Sekventeringsudstyr
\n
Description: Long read sekventering komplementerer short read sekventering (NGS) på flere punkter.\n Der er således adskillige typer genetiske og epigenetiske ændringer, der kan detekteres\n med long read sekventering, som vi enten slet ikke eller kun i ringere grad kan detektere\n med short read sekventering.Epigenetiske ændringer (methylering): Long read sekventering\n genererer automatisk methyleringsprofiler for hele genomet, som en del af analysen.\n Dette kan særligt være interessant for f.eks. imprinting sygdomme. Dette er slet ikke\n på samme måde muligt med short read sekventering. Strukturelle varianter: Long read\n sekventering er - qua de meget længere sekventeringsreads - langt bedre egnet til\n at detektere forskellige typer strukturelle varianter, herunder inversioner, tandem\n duplikationer, translokationer og større deletioner, end short read sekventering.\n Detektion af varianter (også SNPs og INDELs) i en større del af genomet:På grund af\n lav kompleksitet er en del af genomet (~10-15%) tæt på umuligt at analysere tilfredsstillende\n med short read sekventering. Disse områder kan langt bedre analyseres med long read\n sekventering. Det gælder f.eks. MUC1 varianter.Phasing af varianter (særligt SNPs\n og INDELs):Med long read sekventering er det muligt at udlede om flere varianter findes\n på samme (cis) eller modsatte (trans) kopi af DNA (også kaldet ”phasing” af varianter).\n Dette er ofte relevant for at afklare om 2 varianter i samme gen sidder i cis (så\n patienten stadig har 1 rask kopi), eller om de sidder i trans (så patienten derfor\n ikke har en ”rask” kopi af genet).Short tandem repeats (STR) og variable number tandem\n repeats (VNTR): Repeat ekspansioner detekteres langt bedre med long read sekventering,\n da disse reads er lange nok til helt at dække de fleste repeat ekspansioner. Vi kan\n med dette udstyr erstatte vores kromosomanalyser, som det kan være svært at opnå kompetencer\n til.
\n
Procedure identifier: 44faf6d2-77d4-40bd-9a37-b32a4017cfbe
\n
Previous notice: 0417f21f-2089-4718-b81f-1fa303d84697-01
\n
Internal identifier: I-16667
\n
Type of procedure: Negotiated without prior call for competition
\n
2.1.1 Purpose
Main nature of the contract: Supplies
\n
Main classification (cpv): 38000000 Laboratory, optical and precision equipments (excl. glasses)
\n
\n
2.1.2 Place of performance
Postal address: 4 Beriderbakken  
\n
Town: Vejle
\n
Postcode: 7100
\n
Country subdivision (NUTS): Sydjylland (DK032)
\n
Country: Denmark
\n
\n
2.1.4 General information
Legal basis:
\n
Directive 2014/24/EU
\n
\n
\n
\n
5 Lot
5.1 Lot technical ID: LOT-0000
Title: Long Read Sekventeringsudstyr
\n
Description: Long read sekventering komplementerer short read sekventering (NGS) på flere punkter.\n Der er således adskillige typer genetiske og epigenetiske ændringer, der kan detekteres\n med long read sekventering, som vi enten slet ikke eller kun i ringere grad kan detektere\n med short read sekventering.Epigenetiske ændringer (methylering): Long read sekventering\n genererer automatisk methyleringsprofiler for hele genomet, som en del af analysen.\n Dette kan særligt være interessant for f.eks. imprinting sygdomme. Dette er slet ikke\n på samme måde muligt med short read sekventering. Strukturelle varianter: Long read\n sekventering er - qua de meget længere sekventeringsreads - langt bedre egnet til\n at detektere forskellige typer strukturelle varianter, herunder inversioner, tandem\n duplikationer, translokationer og større deletioner, end short read sekventering.\n Detektion af varianter (også SNPs og INDELs) i en større del af genomet:På grund af\n lav kompleksitet er en del af genomet (~10-15%) tæt på umuligt at analysere tilfredsstillende\n med short read sekventering. Disse områder kan langt bedre analyseres med long read\n sekventering. Det gælder f.eks. MUC1 varianter.Phasing af varianter (særligt SNPs\n og INDELs):Med long read sekventering er det muligt at udlede om flere varianter findes\n på samme (cis) eller modsatte (trans) kopi af DNA (også kaldet ”phasing” af varianter).\n Dette er ofte relevant for at afklare om 2 varianter i samme gen sidder i cis (så\n patienten stadig har 1 rask kopi), eller om de sidder i trans (så patienten derfor\n ikke har en ”rask” kopi af genet).Short tandem repeats (STR) og variable number tandem\n repeats (VNTR): Repeat ekspansioner detekteres langt bedre med long read sekventering,\n da disse reads er lange nok til helt at dække de fleste repeat ekspansioner. Vi kan\n med dette udstyr erstatte vores kromosomanalyser, som det kan være svært at opnå kompetencer\n til.
\n
Internal identifier: I-16667
\n
5.1.1 Purpose
Main nature of the contract: Supplies
\n
Main classification (cpv): 38000000 Laboratory, optical and precision equipments (excl. glasses)
\n
Options:
Description of the options: Årlig service: Reservedele, arbejdskraft og forbrugsmaterialer til Revio-systemet,\n der er nødvendige for reparation og planlagt vedligeholdelse, understøttet af PacBio’s\n fjernsupport og realtids-overvågning af ydeevne.
\n
\n
\n
5.1.2 Place of performance
Postal address: 4 Beriderbakken  
\n
Town: Vejle
\n
Postcode: 7100
\n
Country subdivision (NUTS): Sydjylland (DK032)
\n
Country: Denmark
\n
Additional information: 
\n
\n
5.1.3 Estimated duration
Duration: 6 Year
\n
\n
5.1.4 Renewal
Maximum renewals: 2
\n
The buyer reserves the right for additional purchases from the contractor, as described here: Hver gang med op til 12 måneder
\n
\n
5.1.6 General information
Procurement Project not financed with EU Funds.
\n
The procurement is covered by the Government Procurement Agreement (GPA): yes
\n
\n
5.1.10 Award criteria
Criterion:
Type: Quality
\n
Description: Tildelt på baggrund af kvalitet
\n
Order of importance: 1
\n
\n
Justification for not indicating the weighting of the award criteria: Indkøb af LRS platform Klinisk Genetik, Vejle sygehus ønsker at implementere long\n read sekventering (herefter LRS). Det er et krav, at den indkøbte LRS platform kan\n erstatte udvalgte eksisterende kliniske analyser baseret på short read sequencing\n (herefter SRS). For at kunne erstatte SRS-baserede analyser kræves det, at kvaliteten\n af variantkald på LRS platformen er sammenlignelig med (eller bedre) end det, vi allerede\n opnår med SRS. Dette gør sig gældende genome-wide, dvs. ikke kun i den kodende del\n af genomet. Det er desuden et krav, at variantkvaliteten (Recall og/eller F1-scores\n for SNVs og INDELs) for ”challenging medically relevant genes” (CMRG), er på niveau\n med eller bedre, end hvad vi opnår med SRS, for kendte variant benchmarking datasæt\n for CMRG (se evt. Wagner et al, Nature Biotechnology, 2022). Objektive krav til LRS\n platformen Datakvalitet (for et gennemsnitligt 30x helgenom datasæt): - Mindst 90%\n sekventerede baser >Q30 - Median readlængde på mindst 10-15kb Variantkvalitet (baseret\n på kendte valideringsprøver, f.eks. GIAB HG002 eller tilsvarende): - F1-score > 99%\n for SNVs. - F1-score > 95% for INDELs genome-wide (ikke kun i kodende regioner). -\n F1-score > 90% for Strukturelle varianter (SVs). - Recall eller F1-scores for SNVs\n og INDELs for Challenging Medically relevant genes (CMRG) mindst på niveau med Illumina\n SRS. Primær dataanalyse, turn-around time og throughput: - LRS platformen skal kunne\n generere sekventeringsdata svarende til minimum 1500 helgenom-ækvivalenter (30x) årligt.\n - Basecalling med en resulterende readkvalitet, som muliggør ovenstående objektive\n krav til variantkvalitet, skal kunne afvikles på LRS platformens onboard beregningscomputer\n for minimum 1500 helgenom-ækvivalenter (30x) årligt. Det må i den forbindelse ikke\n være et krav eller på nogen måde være nødvendigt, at Klinisk Genetik, Vejle Sygehus,\n indkøber eller har adgang til GPU-baseret beregningskapacitet ud over det, der inkluderes\n i LRS platformens onboard beregningscomputer. - Mulighed for turn-around time på maksimalt\n 48 timer fra sekventeringsrun startes, til basecalling er afsluttet, for et gennemsnitligt\n 30x helgenom datasæt. Begrundelse for PacBio Revio som eneste mulige LRS platform\n PacBio Revio er den eneste LRS platform på markedet, der opfylder alle vores krav.\n PacBio Revio genererer long-read data med høj kvalitet (median read-længde ca. 15kb\n og mindst 90% sekventerede baser >Q30). PacBio Revio er den eneste LRS platform på\n markedet, der kan detektere både SNVs, INDELs og SVs genome-wide (dvs. både i kodende\n og ikke-kodende regioner af genomet) med så høj kvalitet, at platformen kan implementeres\n som erstatning for udvalgte SRS-baserede analyser, herunder klinisk helgenomsekventering\n (WGS).
\n
\n
5.1.12 Terms of procurement
Information about review deadlines: Følgende gælder, hvis udbuddet er et offentligt udbud: Klage skal være indgivet til\n Klagenævnet for Udbud inden 45 kalenderdage efter at ordregiveren har offentliggjort\n en bekendtgørelse i Den Europæiske Unions Tidende om, at ordregiveren har indgået\n en kontrakt (fristen regnes fra dagen efter den dag, hvor bekendtgørelsen er blevet\n offentliggjort), og 6 måneder efter at ordregiveren har indgået en rammeaftale regnet\n fra dagen efter den dag, hvor ordregiveren har underrettet de berørte ansøgere og\n tilbudsgivere. Klage over indgåelse af en kontrakt baseret på en rammeaftale med genåbning\n af konkurrencen (miniudbud) skal være indgivet til Klagenævnet for Udbud inden 30\n kalenderdage regnet fra dagen efter ordregiverens underretning om tildelingsbeslutningen.\n Samtidig med klagens fremsendelse til Klagenævnet for Udbud skal klageren sende en\n kopi af klagen med bilag til ordregiveren, gerne pr. e-mail. Følgende gælder, hvis\n der er tale om et begrænset udbud, et udbud med forhandling, en konkurrencepræget\n dialog eller et innovationspartnerskab: Klage over ikke at være blevet prækvalificeret\n skal være indgivet til Klagenævnet for Udbud inden 20 kalenderdage fra dagen efter\n afsendelse af en underretning til de berørte ansøgere om, hvem der er blevet prækvalificeret.\n Andre klager skal være indgivet til Klagenævnet for Udbud inden 45 kalenderdage efter\n at ordregiveren har offentliggjort en bekendtgørelse i Den Europæiske Unions Tidende\n om, at ordregiveren har indgået en kontrakt (fristen regnes fra dagen efter den dag,\n hvor bekendtgørelsen er blevet offentliggjort), og 6 måneder efter at ordregiveren\n har indgået en rammeaftale regnet fra dagen efter den dag, hvor ordregiveren har underrettet\n de berørte ansøgere og tilbudsgivere. Klage over indgåelse af en kontrakt baseret\n på en rammeaftale med genåbning af konkurrencen (miniudbud) skal være indgivet til\n Klagenævnet for Udbud inden 30 kalenderdage regnet fra dagen efter ordregiverens underretning\n om tildelingsbeslutningen. Samtidig med klagens fremsendelse til Klagenævnet for Udbud\n skal klageren sende en kopi af klagen med bilag til Ordregiveren, gerne pr. e-mail.
\n
\n
5.1.15 Techniques
Framework agreement:
No framework agreement
\n
\n
Information about the dynamic purchasing system:
No dynamic purchase system
\n
\n
\n
5.1.16 Further information, mediation and review
Review organisation: Klagenævnet for Udbud
\n
Organisation providing additional information about the procurement procedure: Region Syddanmark
\n
Organisation providing offline access to the procurement documents: Region Syddanmark
\n
Organisation providing more information on the review procedures: Konkurrence- og Forbrugerstyrelsen
\n
Organisation whose budget is used to pay for the contract: Region Syddanmark
\n
Organisation executing the payment: Region Syddanmark
\n
TED eSender: Mercell Holding ASA
\n
\n
\n
\n
6 Results
Value of all contracts awarded in this notice: 33.664.194 Danish krone
\n
Direct award:
Justification for direct award: The contract can be provided only by a particular economic operator because of an absence of competition for technical reasons
\n
Other justification: Indkøb af LRS platform Klinisk Genetik, Vejle sygehus ønsker at implementere long\n read sekventering (herefter LRS). Det er et krav, at den indkøbte LRS platform kan\n erstatte udvalgte eksisterende kliniske analyser baseret på short read sequencing\n (herefter SRS). For at kunne erstatte SRS-baserede analyser kræves det, at kvaliteten\n af variantkald på LRS platformen er sammenlignelig med (eller bedre) end det, vi allerede\n opnår med SRS. Dette gør sig gældende genome-wide, dvs. ikke kun i den kodende del\n af genomet. Det er desuden et krav, at variantkvaliteten (Recall og/eller F1-scores\n for SNVs og INDELs) for ”challenging medically relevant genes” (CMRG), er på niveau\n med eller bedre, end hvad vi opnår med SRS, for kendte variant benchmarking datasæt\n for CMRG (se evt. Wagner et al, Nature Biotechnology, 2022). Objektive krav til LRS\n platformen Datakvalitet (for et gennemsnitligt 30x helgenom datasæt): - Mindst 90%\n sekventerede baser >Q30 - Median readlængde på mindst 10-15kb Variantkvalitet (baseret\n på kendte valideringsprøver, f.eks. GIAB HG002 eller tilsvarende): - F1-score > 99%\n for SNVs. - F1-score > 95% for INDELs genome-wide (ikke kun i kodende regioner). -\n F1-score > 90% for Strukturelle varianter (SVs). - Recall eller F1-scores for SNVs\n og INDELs for Challenging Medically relevant genes (CMRG) mindst på niveau med Illumina\n SRS. Primær dataanalyse, turn-around time og throughput: - LRS platformen skal kunne\n generere sekventeringsdata svarende til minimum 1500 helgenom-ækvivalenter (30x) årligt.\n - Basecalling med en resulterende readkvalitet, som muliggør ovenstående objektive\n krav til variantkvalitet, skal kunne afvikles på LRS platformens onboard beregningscomputer\n for minimum 1500 helgenom-ækvivalenter (30x) årligt. Det må i den forbindelse ikke\n være et krav eller på nogen måde være nødvendigt, at Klinisk Genetik, Vejle Sygehus,\n indkøber eller har adgang til GPU-baseret beregningskapacitet ud over det, der inkluderes\n i LRS platformens onboard beregningscomputer. - Mulighed for turn-around time på maksimalt\n 48 timer fra sekventeringsrun startes, til basecalling er afsluttet, for et gennemsnitligt\n 30x helgenom datasæt. Begrundelse for PacBio Revio som eneste mulige LRS platform\n PacBio Revio er den eneste LRS platform på markedet, der opfylder alle vores krav.\n PacBio Revio genererer long-read data med høj kvalitet (median read-længde ca. 15kb\n og mindst 90% sekventerede baser >Q30). PacBio Revio er den eneste LRS platform på\n markedet, der kan detektere både SNVs, INDELs og SVs genome-wide (dvs. både i kodende\n og ikke-kodende regioner af genomet) med så høj kvalitet, at platformen kan implementeres\n som erstatning for udvalgte SRS-baserede analyser, herunder klinisk helgenomsekventering\n (WGS).
\n
\n
6.1 Result lot ldentifier: LOT-0000
At least one winner was chosen.
\n
6.1.2 Information about winners
Winner:
Official name: Pacific Biosciences of California Inc.
\n
Tender:
\n
Tender identifier: e24e240a-c4e2-4169-a34b-a8d933325d5d
\n
Identifier of lot or group of lots: LOT-0000
\n
Value of the result: 33.664.191 Danish krone
\n
Subcontracting value is known: no
\n
Subcontracting percentage is known: no
\n
Contract information:
Identifier of the contract: Kontrakt_I-16667_Revio System
\n
The contract is awarded within a framework agreement: no
\n
\n
\n
\n
6.1.4 Statistical information
Received tenders or requests to participate:
Type of received submissions: Tenders
Number of tenders or requests to participate received: 1
\n
\n
\n
\n
\n
\n
8 Organisations
8.1 ORG-0001
Official name: Region Syddanmark
\n
Registration number: 29190909
\n
Postal address: Damhaven 12  
\n
Town: Vejle
\n
Postcode: 7100
\n
Country subdivision (NUTS): Sydjylland (DK032)
\n
Country: Denmark
\n
Contact point: Lone Bjerregaard
\n
Email: LONB@rsyd.dk
\n
Telephone: +45 99440376
\n
Internet address: https://www.regionsyddanmark.dk
\n
Buyer profile: https://eu.eu-supply.com/ctm/company/companyinformation/index/181055
\n
Roles of this organisation:
Buyer
\n
Organisation providing additional information about the procurement procedure
\n
Organisation providing offline access to the procurement documents
\n
Organisation whose budget is used to pay for the contract
\n
Organisation executing the payment
\n
\n
\n
8.1 ORG-0002
Official name: Klagenævnet for Udbud
\n
Registration number: 37795526
\n
Postal address: Nævnenes Hus, Toldboden 2  
\n
Town: Viborg
\n
Postcode: 8800
\n
Country subdivision (NUTS): Vestjylland (DK041)
\n
Country: Denmark
\n
Email: klfu@naevneneshus.dk
\n
Telephone: +45 72405708
\n
Internet address: https://naevneneshus.dk/start-din-klage/klagenaevnet-for-udbud/
\n
Roles of this organisation:
Review organisation
\n
\n
\n
8.1 ORG-0003
Official name: Konkurrence- og Forbrugerstyrelsen
\n
Registration number: 10294819
\n
Postal address: Carl Jacobsens Vej 35  
\n
Town: Valby
\n
Postcode: 2500
\n
Country subdivision (NUTS): Byen København (DK011)
\n
Country: Denmark
\n
Email: kfst@kfst.dk
\n
Telephone: +45 41715000
\n
Internet address: https://www.kfst.dk/
\n
Roles of this organisation:
Organisation providing more information on the review procedures
\n
\n
\n
8.1 ORG-0004
Official name: Pacific Biosciences of California Inc.
\n
Registration number: 07285032
\n
Town: Menlo Park
\n
Postcode: 94025
\n
Country: United States
\n
Email: gmoeller@pacb.com
\n
Telephone: 29111222
\n
Roles of this organisation:
Tenderer
\n
Winner of these lots: LOT-0000
\n
\n
\n
8.1 ORG-0005
Official name: Mercell Holding ASA
\n
Registration number: 980921565
\n
Postal address: Askekroken 11  
\n
Town: Oslo
\n
Postcode: 0277
\n
Country subdivision (NUTS): Oslo (NO081)
\n
Country: Norway
\n
Contact point: eSender
\n
Email: publication@mercell.com
\n
Telephone: +47 21018800
\n
Fax: +47 21018801
\n
Internet address: http://mercell.com/
\n
Roles of this organisation:
TED eSender
\n
\n
\n
\n
11 Notice information
11.1 Notice information
Notice identifier/version: 55690694-b151-4f18-9774-bb8bc3929c90 - 01
\n
Form type: Result
\n
Notice type: Contract or concession award notice – standard regime
\n
Notice dispatch date: 13-12-2024 13:33 +00:00
\n
Notice dispatch date (eSender): 13-12-2024 13:39 +00:00
\n
Languages in which this notice is officially available: Danish 
\n
\n
11.2 Publication information
Notice publication number: 00769777-2024
\n
OJ S issue number: 244/2024
\n
Publication date: 16-12-2024
\n
\n
\n \n","opsummeringDA":{"card":{"titel":"Long Read Sekventeringsudstyr","ordregiver":"Region Syddanmark","ordregiverId":"29190909","ordregiverIdDatavasket":"29190909","publiceringsdato":"2024-12-16+01:00","cpvKode":"38000000","cpvTitel":"Laboratorieudstyr, optisk udstyr og præcisionsudstyr (ikke briller)","formulartype":"Resultater","formulartypeKode":"result","tidsfrister":[],"alleOrdregivere":["Region Syddanmark"],"beskrivelse":"Long read sekventering komplementerer short read sekventering (NGS) på flere punkter. Der er således adskillige typer genetiske og epigenetiske ændringer, der kan detekteres med long read sekventering, som vi enten slet ikke eller kun i ringere grad kan detektere med short read sekventering.Epigenetiske ændringer (methylering): Long read sekventering genererer automatisk methyleringsprofiler for hele genomet, som en del af analysen. Dette kan særligt være interessant for f.eks. imprinting sygdomme. Dette er slet ikke på samme måde muligt med short read sekventering. Strukturelle varianter: Long read sekventering er - qua de meget længere sekventeringsreads - langt bedre egnet til at detektere forskellige typer strukturelle varianter, herunder inversioner, tandem duplikationer, translokationer og større deletioner, end short read sekventering. Detektion af varianter (også SNPs og INDELs) i en større del af genomet:På grund af lav kompleksitet er en del af genomet (~10-15%) tæt på umuligt at analysere tilfredsstillende med short read sekventering. Disse områder kan langt bedre analyseres med long read sekventering. Det gælder f.eks. MUC1 varianter.Phasing af varianter (særligt SNPs og INDELs):Med long read sekventering er det muligt at udlede om flere varianter findes på samme (cis) eller modsatte (trans) kopi af DNA (også kaldet ”phasing” af varianter). Dette er ofte relevant for at afklare om 2 varianter i samme gen sidder i cis (så patienten stadig har 1 rask kopi), eller om de sidder i trans (så patienten derfor ikke har en ”rask” kopi af genet).Short tandem repeats (STR) og variable number tandem repeats (VNTR): Repeat ekspansioner detekteres langt bedre med long read sekventering, da disse reads er lange nok til helt at dække de fleste repeat ekspansioner. Vi kan med dette udstyr erstatte vores kromosomanalyser, som det kan være svært at opnå kompetencer til.","bkSubTypeKode":"29","bkSubType":"Bekendtgørelse om indgåede kontrakter – det generelle direktiv, standardordningen","erAendring":false},"indholdsType":"HENTET_FRA_TED","sekundaereOrdregivere":[],"udforelsesstedNutsCode":["DK032"],"udforelsesstedSubLand":["Sydjylland"],"udforelsesstedLand":["Danmark"],"udforelsesstedBy":["Vejle"],"tilbudsfrister":[],"intressentfrister":[],"deltagelsefrister":[],"antalParts":0,"antalLots":1,"udbudsDokumenter":[]},"opsummeringEN":{"card":{"titel":"Long Read Sekventeringsudstyr","ordregiver":"Region Syddanmark","ordregiverId":"29190909","ordregiverIdDatavasket":"29190909","publiceringsdato":"2024-12-16+01:00","cpvKode":"38000000","cpvTitel":"Laboratory, optical and precision equipments (excl. glasses)","formulartype":"Result","formulartypeKode":"result","tidsfrister":[],"alleOrdregivere":["Region Syddanmark"],"beskrivelse":"Long read sekventering komplementerer short read sekventering (NGS) på flere punkter. Der er således adskillige typer genetiske og epigenetiske ændringer, der kan detekteres med long read sekventering, som vi enten slet ikke eller kun i ringere grad kan detektere med short read sekventering.Epigenetiske ændringer (methylering): Long read sekventering genererer automatisk methyleringsprofiler for hele genomet, som en del af analysen. Dette kan særligt være interessant for f.eks. imprinting sygdomme. Dette er slet ikke på samme måde muligt med short read sekventering. Strukturelle varianter: Long read sekventering er - qua de meget længere sekventeringsreads - langt bedre egnet til at detektere forskellige typer strukturelle varianter, herunder inversioner, tandem duplikationer, translokationer og større deletioner, end short read sekventering. Detektion af varianter (også SNPs og INDELs) i en større del af genomet:På grund af lav kompleksitet er en del af genomet (~10-15%) tæt på umuligt at analysere tilfredsstillende med short read sekventering. Disse områder kan langt bedre analyseres med long read sekventering. Det gælder f.eks. MUC1 varianter.Phasing af varianter (særligt SNPs og INDELs):Med long read sekventering er det muligt at udlede om flere varianter findes på samme (cis) eller modsatte (trans) kopi af DNA (også kaldet ”phasing” af varianter). Dette er ofte relevant for at afklare om 2 varianter i samme gen sidder i cis (så patienten stadig har 1 rask kopi), eller om de sidder i trans (så patienten derfor ikke har en ”rask” kopi af genet).Short tandem repeats (STR) og variable number tandem repeats (VNTR): Repeat ekspansioner detekteres langt bedre med long read sekventering, da disse reads er lange nok til helt at dække de fleste repeat ekspansioner. Vi kan med dette udstyr erstatte vores kromosomanalyser, som det kan være svært at opnå kompetencer til.","bkSubTypeKode":"29","bkSubType":"Contract award notice – general directive, standard regime","erAendring":false},"indholdsType":"HENTET_FRA_TED","sekundaereOrdregivere":[],"udforelsesstedNutsCode":["DK032"],"udforelsesstedSubLand":["Sydjylland"],"udforelsesstedLand":["Denmark"],"udforelsesstedBy":["Vejle"],"tilbudsfrister":[],"intressentfrister":[],"deltagelsefrister":[],"antalParts":0,"antalLots":1,"udbudsDokumenter":[]}}